Keberadaan Program Magister dan Doktor di Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Brawijaya (FEB UB) memiliki perjalanan yang panjang. Pada awalnya, pengelolaan program Magister dan Doktor diselenggarakan secara terpusat di universitas. Namun sejak tahun 2006 penyelenggaraan pendidikan program Magister dan Doktor diserahkan kepada fakultas yang relevan.
Program studi (Prodi) pertama yang menjadi embrio Program Magister dan Doktor FEB UB adalah Program Magister Manajemen. Secara resmi, Program Studi tersebut berdiri pada tahun 1996, melalui Surat Keputusan Derektorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 493/DIKTI/KEP/1996 tertanggal 31 Agustus 1996. Setelah itu, pada tahun 2000 Program Doktor dengan kekhususan Manajemen (PDIM) secara resmi berdiri melalui Surat Keputusan Dirjen Dikti Nomor 50/DIKTI/KEP/2000. Kemudian, pada tanggal 4 Juli 2001, berdiri Program Magister Ilmu Ekonomi melalui Surat Ijin Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 2294/D/T/2001. Setelah itu, Program Magister Sains Akuntansi secara resmi juga diselenggarakan berdasarkan Surat Ijin Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 2844/D/T/2001 tertanggal 31 Agustus 2001.
Pada tahun 2006, ketika pengelolaan program Magister dan Doktor sudah berpindah ke fakultas, Program Doktor Ilmu Ekonomi (PDIE) dan Program Doktor Ilmu Akuntansi (PDIA) secara resmi diselenggarakan, sesuai dengan Surat Ijin Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 1504/D/T/2007 tertanggal 22 Juni2007 untuk PDIE dan Surat Ijin Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 1575/D/T/2007 tertanggal 29 Juni 2007 untuk PDIA.
Kemudian pada tahun 2012, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan melalui surat nomor 1039/E/T/2012 memberikan mandat kepada Universitas Brawijaya untuk menyelenggarakan Program Studi Manajemen jenjang Pendidikan Doktor Luar Domisili di Jakarta. Selanjutnya pada tahun 2017, berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 7/KPT/I/2017 tentang Pembukaan Program Studi di Luar Domisili pada Universitas Brawijaya di Kota Malang, maka secara resmi berdirilah Program Studi Doktor Manajemen Kampus Jakarta.
Dengan demikian, FEB UB sudah memiliki program pendidikan untuk jenjang S1, S2, dan S3 untuk semua bidang keilmuan (Ekonomi, Manajemen, dan Akuntansi). Pengelolaan Program Magister dan Doktor berkembang sangat cepat di bawah pengelolaan fakultas. Seluruh Program Magister dan Doktor yang berada di UB kampus Malang telah terakreditasi A oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), sedangkan untuk Program Doktor Manajemen Kampus Jakarta telah terakreditasi BAN-PT dengan akreditasi B. Pencapaian prestasi lainnya adalah telah diraihnya akreditasi internasional dari ABEST21 untuk Program Magister Akuntansi, Magister Manajemen, dan Magister Ilmu Ekonomi. Ketiga program tersebut juga telah menyelenggarakan exchange dan joint degree dengan universitas mitra di luar negeri. Selain itu, sejalan dengan perwujudan rencana strategis fakultas, program internasionalisasi terus menjadi prioritas dalam pengembangan Program Magister dan Doktor FEB UB.